微波萃取也是近十年來發展的一種新方法。
 

　　微波萃取的原理是基于微波加熱的方法。樣品中極性分子的偶極矩在髙頻電磁波輻射的可變能量場作用下發生快速振動運動，從而在樣品內部產生大最的摩擦熱量下進行萃取。
 

　　微波萃取的優點是快速并賦予樣品低的熱應力，這對熱穩定性低的樣品萃取是有利的。
 

　　微波萃取要求極性溶劑，所以需要用非極性溶劑進行萃取的場合也同樣要通過一種改性劑或者使用混合溶劑來實施萃取。影響萃取效果的因素是溶劑的選擇、萃取的時間、微波的能量等，尤其樣品中的含水量對萃取有較大的影響。采用一次萃取或者是多次萃取則取決于具體的實驗情況，例如長時間的微波作用是否會使溫度過高導致溶劑起沸或者導致萃取管壓力升高產生負面影響。不過，在大多數情況中多次微波輻射的方法取得較好的效果。
 

　　微波萃取的裝置與早期微波消解的設備是相同的。早期的微波消解用于無機分析，它是在有機物質存在的情況下利用消解去除有機物的干擾，以便準確地進行無機元素的定量分析。
 

　　不過，除消解外這一裝置還可進行萃取、蛋白質水解、濃縮、干燥、化學反應等操作。利用這一裝置進行微波水解蛋白質，可以使被檢測目標物易從蛋白質中解離，從而提高目標物的萃取量。
 

　　萃取管是密封的，它的萃取效率明顯優于開放式的萃取管。為了提高萃取的效果，還可以加上超聲功能，以超聲波的作用代替機械攪拌，據稱能明顯提高萃取量。